En aquel tiempo, como hemos visto, los Reyes prestaban oído al consejo de los teólogos y misioneros. Recordemos brevemente algunos de los pasos dados en búsqueda de la justicia en las Indias. Tras el sermón de fray Antonio de Montesinos, Fernando el Católico convocó una junta de notables, de la que nacieron las Leyes de Burgos (1512), en las que se declaró la libertad de los indios, la prioridad de la evangelización, y una serie de derechos fundamentales, al tiempo que se humanizaba el régimen de la encomienda. Poco después, en 1514, el Rey ordenó que no se hicieran conquistas sin previo requerimiento pacífico, medida que fue tenida en cuenta por todos los conquistadores, pero que no servía de mucho.

En 1525 las protestas de conciencia eran tan graves, que de momento se suspendieron los descubrimientos y conquistas. Al año siguiente, en las Ordenanzas de Granada (1526), establecidas por el Consejo de Indias, se dieron normas «sobre el buen tratamiento a los indios y manera de hacer nuevas conquistas», exigiendo en ellas requerimiento y presencia de dos clérigos que velasen por el buen trato, y prohibiendo de nuevo toda esclavización de los indios. Por otro lado, el tema de las encomiendas sigue siendo objeto de dudas continuas y de frecuentes retoques jurídicos, siempre insatisfactorios.

En 1529, una cédula real enviada desde Génova, impulsa a los tres grandes Consejos -Real, de Indias y de Hacienda- a regular de nuevo la encomienda, haciéndola pasar de servicio a tributo moderado (Céspedes, Textos n.34).

En 1537, el primer obispo de Tlaxcala, en México, el dominico fray Julián Garcés, escribió al papa Pablo III una notable carta, en la que ensalza la racionalidad y libertad de los indios, así como su idoneidad religiosa, y denuncia con fuerza a quienes, queriendo explotar a los indios, alegan para excusarse que éstos son como brutos sin entendimiento. Esta carta, según parece, fue causa principal de la Bula pontificia Sublimis Deus, de ese mismo año, en la que se reiteran, con la plena autoridad apostólica, esas mismas verdades (Xirau 87-101).

En 1541, a las muchas quejas que iban llegando, se añadieron las de cuatro dominicos procedentes de México, Perú y Cartagena, los padres Juan de Torres, Martín de Paz, Pedro de Angulo y Bartolomé de Las Casas, que reclamaron ante la corte de Carlos I. El emperador, que estaba dispuesto a suspender su acción en América si se demostraba que no tenía títulos legítimos para ella, convocó una junta extraordinaria del Consejo de Indias, y bajo el influjo de Las Casas, se promulgaron las famosas Leyes Nuevas (1542), un cuerpo legal de normas claras: «por ninguna vía se hagan los indios esclavos», sino que han de ser tratados como vasallos de la Corona; «de aquí en adelante ningun visorrey, gobernador... no pueda encomendar indios por nueva provisión, sino que muriendo la persona que tuviere los dichos indios sean puestos en nuestra real Corona» (Céspedes n.35).

Sin embargo, las convulsiones producidas en las Indias por estas Leyes Nuevas, sobre todo en lo referente a las encomiendas, fueron tales, en forma de recursos y alzamientos, que fue preciso suavizarlas o suspender su aplicación. No sólo los representantes de la Corona, sino la gran mayoría de los misioneros, estimaron que la acción de España en América, sin la base laboral de las encomiendas, al menos por entonces, se hacía imposible.

De nuevo en 1549, antes de la Junta de Valladolid, el emperador está dispuesto a abandonar las Indias a sus antiguos señores si su dominio allí no tuviera justos títulos. Tal decisión no se ejecutó al mediar en contrario el dictamen del padre Vitoria y otros consejos, de modo que se asentó ya moralmente la presencia de España en las Indias.

Recordemos, finalmente, la Recopilación de las leyes de los Reynos de las Indias, de 1681. En el prólogo de la excelente edición realizada en México en 1987, don Jesús Rodríguez Gómez, presidente del mexicano Colegio Nacional de Abogados, escribe: «De entre las numerosas legislaciones españolas de la época, son las castellanas las que se reflejan sobresalientemente en las Leyes de Indias, que no soslayan el derecho indígena, a tal grado que sorprende encontrar la minuciosa referencia a las costumbres de la República de Tlaxcala; pero más asombran disposiciones como las relativas a la jornada de ocho horas, interrumpidas por un descanso de dos, y a la inviolabilidad de la correspondencia»... (pg. XI).