La reina Isabel veía que su vida se iba acabando, y con ésta y otras noticias estaba angustiada por la suerte de los indios, de modo que mes y medio después de hacer su Testamento, un día antes de morir, el 25 de noviembre de 1504, le añade un codicilo en el que expresa su última y más ardiente voluntad:

«De acuerdo a mis constantes deseos, y reconocidos en las Bulas que a este efecto se dieron, de enseñar, doctrinar buenas costumbres e instruir en la fe católica a los pueblos de las islas y tierras firmes del mar Océano, mando a la princesa, mi hija, y al príncipe, su marido, que así lo hayan y cumplan, e que este sea su principal fin, e que en ello pongan mucha diligencia, y non consientan ni den lugar que los indios, vecinos y moradores de las dichas Indias y tierra firme, ganadas y por ganar, reciban agravio alguno en sus personas y bienes, mas manden que sean bien y justamente tratados. Y si algún agravio han recibido, lo remedien y provean».