El Patronato real fue históricamente el modo en que se articuló esta misión de la Corona de España hacia las Indias. El Patronato real sobre las Indias no fue sino una gran amplificación de la institución del patronato, desde antiguo conocida en el mundo cristiano: por él la Iglesia señalaba un conjunto de privilegios y obligaciones a los patronos o fundadores de templos o colegios, hospitales o monasterios, o a los promotores de importantes obras religiosas. El Padroao de los Reyes lusitanos fue el precedente inmediato al de la Corona española.

Por el real Patronato, los Reyes castellanos, como delegados del Papa, y sujetos a las leyes canónicas, asumieron así la administración general de la Iglesia en las Indias, con todo lo que ello implicaba: percepción de diezmos, fundación de diócesis, nombramientos de obispos, autorización y mantenimiento de los misioneros, construcción de templos, etc. Julio II, en la Bula Universalis Ecclesiæ, concedida a la Corona de Castilla en la persona de Fernando el Católico, dió la forma definitiva a este conjunto de derechos y deberes.

Pronto se crearon las primeras diócesis americanas, y las Capitulaciones de Burgos (1512) establecieron el estatuto primero de la Iglesia indiana. Cuando Roma vio con los años el volumen tan grande que iba cobrando la Iglesia en América, pretendió en 1568 suprimir el Patronato, pero Felipe II no lo permitió. Poco después, la Junta Magna de Madrid (1574) fue un verdadero congreso misional, en el que se impulsó la autonomía relativa de los obispos en las Indias para nombramientos y otras graves cuestiones. Las modernas Repúblicas hispanoamericanas mantuvieron el régimen del Patronato hasta el concilio Vaticano II, y en algunas todavía perdura, en la práctica al menos de algunas cuestiones